對于計算機軟件的程序代碼，可通過申請計算機著作權登記的方式進行保護。計算機軟件著作權保護的受理單位為國家版權局，申請人需要向國家版權局提交源程序代碼，源程序代碼文檔包括前、后各連續30頁的代碼，每頁代碼不少于50行，如果整個源程序不足60頁，則提交整個源程序文檔。

計算機軟件著作權作為一種著作權，屬于登記性權利，申請人向版權局申請登記相應計算機軟件后，便可使該著作權自動獲得保護，軟件著作權人享有發表權、開發者身份權、使用權、使用許可權和獲得報酬權。但是，作者即使不進行登記，在其作品完成或發布之日，其依然可以自動取得相應著作權。不過為了避免在產生權利糾紛時無法準確確定權利歸屬以及權利產生日期，可以在完成之日將相應計算機軟件或其他作品向版權局進行登記以獲得著作權登記證書，以獲得更穩妥的權利保障。

對于計算機軟件的圖形用戶界面，可通過申請外觀設計zhuanli的方式進行保護。我國過往對計算機軟件圖形用戶界面的保護沒有非常適用的知識產權法規，申請人往往僅能將圖形用戶界面中比較有特點的圖形單獨申請著作權，類似對藝術品的著作權保護。

但是，軟件操作往往是一個動態的過程，隨著移動軟件的大規模普及以及多方面力量的推動，國家知識產權局于2014年對《zhuanli審查指南》中與圖形用戶界面相關的部分內容進行了修改，使之前不能獲得外觀zhuanli保護的動態的計算機軟件圖形用戶界面在2014年5月1日之后可以申請外觀設計zhuanli。

申請人應當至少提交一個狀態的整體產品外觀設計視圖，對其余狀態可僅提交關鍵幀的視圖，所提交的視圖應當能唯一確定動態圖案中動畫的變化趨勢。需要注意的是，相應視圖均需要以計算機顯示器或手機等產品作為載體，即，上述獲得外觀設計zhuanli保護的產品依然為帶有特定圖形用戶界面的計算機顯示器或手機等。